《ACS Synthetic Biology》首次报道,在骆驼体内发现一种纳米抗体,将其与蛋白质降解分子结合可作为细胞蛋白质水平控制的有效平台。该技术将有助于细胞动力学和合成基因电路设计研究。
NanoDeg平台
莱斯大学的化学和生物分子工程师Laura Segatori师从双功能识别系统“NanoDeg”创始人Lara Pferdehirt博士(本科)和Wenting Zhao博士(研究生)。该系统允许操作者靶向细胞特定蛋白质,通过加速蛋白水解,控制靶蛋白翻译后的水平,严格调节它们的降解。
这种“即插即用”系统允许合成生物学家观察蛋白质表达水平对细胞生命特征影响,在细胞内环境中研究特定蛋白质功能。
开发
当研究人员在骆驼(以及后来的鲨鱼)体内发现这种单链抗体的一个功能臂可以定制靶向特定蛋白质后,考虑到它们还有体积小(小于大多数生物的自然抗体)、溶解性高、甚至可识别隐藏或中间体状态等特性,研究人员认为它们非常适合被细菌和其他细胞制造和修饰。
如图所示,对比最左边的人类抗体,位于中间的骆驼抗体(重链抗体)比大多数生物的抗体小得多,而且容易编辑。最右边是骆驼单抗(红色)和人类抗体(蓝色)结构的直观比较。
决定某一蛋白发生降解或部分降解的序列要素(degrons),即负责调节蛋白质降解速率的短序列也可被人工合成定制,从而调节靶蛋白至所需水平。
把这种抗体与degrons等要素合并后,一种强大的、可通用的细胞蛋白质调节平台NanoDegs应运而生。
“本质上,NanoDegs能靶向任何细胞蛋白。一旦携带着degron标签的纳米抗体与其伴侣绑定后,伴侣所在的整个复合体都将被水解。”
“过去,当人们想调节细胞中蛋白质数量时,通常考虑先调节DNA或RNA水平。但是NanoDegs平台直接着眼于蛋白质,可以靶向不同的后调节修饰,更重要的是,还能使研究人员全面控制降解速率和降解程度。”Segatori说。
验证
研究人员设计了一个表达GFP的合成基因电路,用于汇报细胞进程。然后让NanoDeg靶向GFP。“我们使用GFP是因为荧光报告值比较容易衡量,”Segatori说。“当纳米抗体识别GFP后,我们看到整个复合体被降解掉了。”
“如果你设计了一个在应激状态下GFP表达激活的遗传电路,细胞暴露在刺激物下GFP就被表达。但是当你把刺激物拿走,荧光信号的衰减并不一定如实反映刺激的衰减,它可能只是在反应GFP报告物的稳定性,”Segatori说。“因此,我们实际需要的是一个刺激状态下GFP表达激活,刺激结束后之前表达的GFP能被及时关闭的基因电路。让NanoDeg在准确的时机迅速降解GFP就能真实反映整条电路的工作情况。这增加了合成基因电路的灵敏度和动态分辨率。”